L’ANPE, tout comme les autres EPE est dotée d’un Conseil d’Administration (CA) qui exerce une autorité et un contrôle sur l’ensemble des structures de ses services pour s’assurer de l’exécution de sa mission de service public. L’ANPE est administrée par un Conseil d’Administration tripartite de neuf (09) membres. Le Conseil d’Administration est l’organe de délibération de l’ANPE. Il se compose comme suit :
un (01) représentant du Ministère chargé de l’emploi ;
un (01) représentant du Ministère chargé du travail ;
un (01) représentant du Ministère chargé des Finances ;
trois (03) représentants des organisations professionnelles d'employeurs dont un (01) du secteur informel ou de l’artisanat ;
trois (03) représentants des organisations syndicales de travailleurs dont un (01) représentant des syndicats des travailleurs de l'ANPE.